আন্তর্জাতিক পর্যায়ে, তিনি হন্ডুরাস আন্ডার ১৭-এর প্রতিনিধিত্ব করেন। তিনি প্রধানত ডিফেন্ডার হিসেবে খেলেন।

ফিফা U১৭ বিশ্বকাপ 2025 জুড়ে, Yensel Alexandro Morales Trujillo 1টি ম্যাচে খেলেছেন, প্রতি ম্যাচে গড়ে 0টি ট্যাকল, 0টি ইন্টারসেপশন এবং 0টি ক্লিয়ারেন্স করেছেন, এবং প্রতি ম্যাচে 0টি শট ব্লক করেছেন।